Štanjel è uno degli insediamenti carsici più antichi, come si evince dal suo centro storico. Il suo nome deriva da San Daniele, il santo protettore del paese a cui è dedicata la chiesa. Il colle, vista la sua posizione strategica, era abitato già in tempi preistorici e fortificato già nell’antichità. Le prime testimonianze scritte della sua esistenza risalgono al 1402.
Le sue caratteristiche mura di cinta furono costruite nel 15° secolo a protezione degli abitanti dalle incursioni turche. Il villaggio raggiunse l’apice del proprio sviluppo nel 16° e 17° secolo, epoca a cui risale la maggior parte degli elementi architettonici degli edifici. Nel primo dopoguerra fu l’architetto nonché sindaco del paese Max Fabiani a imprimere la propria impronta su Štanjel.
Durante la Seconda Guerra Mondiale il villaggio fu parzialmente incendiato e il castello subì ingenti danni. La rivitalizzazione del centro storico e la ristrutturazione del castello ebbero inizio negli anni ‘60 del secolo scorso e continuano tuttora. Dopo il secondo conflitto mondiale, sulla pianura ai piedi dell’antico centro storico si sviluppò la parte più nuova del villaggio.
